Kalıcı saç boyalarında problem içeriklerindeki p-fenilendiamin (PFD) dir. Bu kimyasal ve diğer saç boyası içeriğindeki kimyasallar saçlı deride tahriş ve sık alerji yapabilmektedir. Bu nedenle duyarlı yada şüpheli kişilerde % 2 lik vazelin içerisinde PFD ile deri testleri yapılmalı sonrasında saç boyaları uygulanmalıdır.

PFD içermeyen yarı kalıcı saç boyaları tercih edilmelidir. Son zamanlarda para-toulendiamin PFD yerine boyalarda kullanılmaya başlanmıştır. Bunun alerji riski bulunmamaktadır. Ayrıca metal içerikli boyalar yada doğal kınada daha öncelikli tercih edilmelidir.

Bazı saç boya kimyasalları güneş ve ışıkla birlikte saçlı deride ve tamas ettikleri boyun ve yüz gibi deri alanlarında alerji ve reaksiyonlara neden olmaktadır. Buna fotokontakt dermatitis denilmektedir.

Saç boyaları ayrıca saçın fiziksel yapısını da bozmaktadır. Saçların mat, kaba ve kolay kırılmalarına neden olmaktadır.

Saç boyaları ile kanserler arasındaki ilişki tartışmalıdır. Özelikle 1980 öncesi kullanılan saç boyalarının denetimsiz içerikleri bazı kanserleri artırmıştır. 1980 sonrası getirilen yasal düzenlemeler ile bazı kimyasalların saç boyasında kullanımına sınırlamalar getirilmiştir. Ancak halen saç boyaları ve diğer saç ürünlerinin kullanımı ile mesane kanseri, Non Hodgkin lenfoma, Multiple myeloma, akut lösemi ve meme kanseri arasındaki ilişki tartışmalıdır.

Gebelikte saç boyaları ve saç ürünlerinin kullanımı tartışmalı olmakla birlikte fenildiamin, aminofenos ve etanolamin gibi kimyasalların gebelikte çocuklar üzerinde yan etkileri hayvan deneylerinde gösterilmiştir.