Saç ve saçlı deri analizlerinde kullanılan yöntemler arasında en az tercih edilenler yöntem invaziv olarak tanımlanan yöntemlerdir. İnvaziv, saçlı deri ve saçlara kalıcı zarar verilerek, bütünlükleri bozulacak şekilde yapılmasını tanımlamaktadır. İnvaziv yöntemler;

• Saç köklerinde matriks hücre kinetiğinin değerlendirilmesi. Bu yöntemde saçlı deriden biyopsi ile deri örneği alınmaktadır. Bu örnekte saç büyümesinin en iyi ölçümü matriks hücre kinetiği değerlendirmesidir. Matrikste hücre çoğalması için kullanılan yöntemler mitotik indeks ve işaretleme (labeling) indeksidir. Mitotik indeks, bir noktada belirli bir zamanda aktif olarak bölünen hücrelerin toplam sayısıdır ve balmumu içerisine yerleştirilen kesitlerde ölçülür. İşaretleme indeksi ise belirli bir zamanda mitoza giren hücrelerin sayısıdır ve biyopsilere intradermal tritiated timidin öncülerinin enjeksiyonunu gerektirir.
• Saçlı deriden alınan biyopsiler, histopatolojik analizler için kullanılır. Biyopsiler, saçlı deriden lokal anestezi altında alınır. 4 veya 6 mm’lik punch ile (çıkan saçların eğimleri doğrultusunda subkutan dokuya ulaşacak şekilde) tipik olarak saçların döküldüğü ve normal saçlı deri arasındaki geçiş bölgesinden alınır. Kanama ve doku iyileşmesi için dikiş atılır. Sıklıkla 2 adet punch alınmaktadır. Alınan örneklerde yatay ve dikey kesitlerde değerlendirme yapılır. Yatay kesitlerin dikey kesitlerden daha fazla tanısal bilgi verdiği gösterilmiştir. Bu yöntem, dansite, kıl şaft kalınlığı, anajen/telojen oranı ve terminal/vellüs oranı ölçümünü sağlamaktadır. Bu yöntemde maalesef saçlı deri örnekleri küçüktür; 4 mm’lik punch biyopsi 0.126 cm²’lik bir alanı içerir ve böylece az sayıda kıl folikülü ihtiva eder. Ayrıca, bu yöntemi sınırlayan asıl önemli problem, saçlı derinin aynı alanından tekrarlayan örneklerin alınamamasıdır.