Lazer etki mekanizmasının temeli, lazer ışığının seçici ısı hasarıdır. Lazer ışığı dokuya uygulandığında, dokuda bulunan su, protein, yağ ve pigmentler (bunlara kromofor denilmektedir) tarafından lazerin dalga boyu özelliğine göre farklı oranlarda emilmekte; bu da lazer ışığının dokuda ısıya dönüşmesine neden olmaktadır. Lazer lipolizisinde ise yağ dokusundaki kromoforlar; yağ, su ve protein olan doku kollajeni ile damarlardaki hemoglobindir. Bu kromoforlar üzerindeki lazerin etkisi, lazerin dalga boyuna bağlıdır. Örneğin, su 2000 nm üzerindeki dalga boyları tarafından iyi emilmekte, 3000 nm'de ise emilim oranı zirve yapmaktadır. Proteinler 280 nm'de, pigmentler ise 400-2000 nm aralığında optimum emilim göstermektedir.

Lazer dokuya uygulandığında, lazerin bir kısmı direkt emilmekte ve ısıya hemen dönüşerek dokuda asıl etkiyi göstermektedir. Lazer ışınımının bir kısmı ise dağılıma (scattering) uğramaktadır. Bu, daha sonra doku tarafından emilerek tekrar ısıya dönüşmektedir. Dağılıma uğrayan kısım, lazerin %10'u kadardır.

Aşağıdaki resimde olduğu gibi, 1. noktadan lazer uygulanmakta; burada lazerin büyük bir oranı yağ dokusu tarafından emilmekte ve ısıya dönüşmektedir. Lazerin küçük bir kısmı ise dağılıma (scattering) uğramaktadır. 2. ve 3. noktalarında tekrar emilim ve dağılıma uğrama olmakta; en son 4. noktasında tekrar emilerek sonlanmaktadır.

Yapılan çalışmalarda yağ dokusu ve dermiste lazer için en uygun dalga boyu 450 – 1800 nm aralığı olarak saptanmıştır. Aşağıdaki grafikte su ve yağ dokusunun lazer dalga boylarına göre emilim farkları görülmektedir. Kollajen ve suyun lazer emilimi aynı seyretmektedir ve lazer dalga boyu arttıkça bu da artmaktadır. Burada dermis önemlidir çünkü dermisin yapısı ve yağ dokusu ile olan komşuluğu nedeniyle lazer ışıklarından direkt etkilenmektedir. Dermisin emilim yaptığı iki pik görülmektedir. Bunlar 1210 ve 1450 nm'dir.

Lazer, yağ dokularda ısı artışı ile geçici ve kalıcı hasar yapmaktadır. Bu hasarın derecesi, lazerin dokuda uygulanma gücüne, yani yağ dokusunda yaptığı ısı değişimine bağlıdır. Lazer düşük güçlerde, yani düşük ısılarda, yağ hücrelerinin boyutlarını 100 mikrona kadar artırmakta ve bu yağ hücrelerinin normale dönebileceği "tumefaction" olarak tanımlanan hasara neden olmaktadır. Bunun nedeni, ısı ile yağ hücrelerinin hücre zarında sodyum-potasyum kanallarının açılması ve hücre dışı sıvının hücre içerisine girmesi; bu da hücrenin şişmesine neden olmaktadır. Tumefaction etkisi, lazerin 1000 J kadar uygulandığı enerjilerde görülmektedir. Yüksek lazer enerjilerinde, yani 1000-12.000 J'lerde, yüksek ısı ile yağ hücreleri kalıcı olarak hasarlanarak parçalanmakta ve lipoliz gerçekleşmektedir. Lazer, yağ dokusunda etkisini sadece ısı değil, mekanik ve kimyasal olarak da göstermektedir.

Lazerin uygulanması sırasında lazer ışınım volümü, yani kullanılan lazerin fiber çapı, önemlidir. Lazer küçük fiber çapı ile kullanıldığında dokularda yüksek emilime uğramakta, dokulardan scattering düşük olmaktadır. Lazer fiber çapı arttıkça emilim ve scattering artmaktadır. Lazer yüksek fiber çapı ile kullanıldığında emilim orta, scattering ise fazla olmaktadır. Lazerin dokularda emilimi ve scattering toplamı, lazerin yaptığı ısıya bağlı olarak doku eritici-lizis etkisini oluşturmaktadır. Lazerin scattering'i, lizis derinliğini azaltmaktadır.

Lazerin dalga boyu seçiminde orta scattering ve yüksek absorpsiyon istenmektedir. Dalga boyu arttıkça scattering artmaktadır.

Lazer, yağ dokusunun küçük bir alanına uygulandığında ilk olarak yukarıda resimde olduğu ısı ortaya çıkmaktadır. Bu ısı dokuda yayılmakta ve belli bir alana dağılmaktadır. Lazer lipolizinde asıl etkili olan ısının ilk yükseldiği alandır. Lazer, mikrokanül ile doku içerisinde hızlı hareket ettirilerek ısı etkisini korumakta ve çevrede istenmeyen ısı artışını azaltmaktadır.

Lazer, yağ dokusunda erime yapabilmesi için 50-65 °C'ye ulaşması gerekmektedir. Lazer lipolizis sırasında ilk alanında ısı 65 °C'ye kadar ulaşmaktadır. 50 °C'nin üzerindeki ısılar istenmeyen yan etkilere neden olmaktadır. Yapılan klinik çalışmalarda lazer lipolizis sırasında doku içi ısısının 48-50 °C yükselmesi gerektiği belirtilmektedir. Bu da dış deri ısısının 38-41 °C olması anlamına gelmektedir. Bu durum, infrared ısı ölçerler ile kontrol edilebilmektedir.