Botoks uygulamaları sonrası gelişen yan etkileri; Sık gözlenen,lokalize ve süresi sınırlı şiddetli olmayan yan etkiler, uygulama tekniğine bağlı olarak gelişen uzun sürebilen daha ciddi yan etkiler ve uygulama tekniğine bağlı olmadan gelişen uzun sürebilen daha ciddi yan etkiler olarak tanımlayabiliriz. 

Sık gözlenen,lokalize ve süresi sınırlı şiddetli olmayan yan etkiler

• Toksinin iğne ile deriye uygulanmasından kaynaklanan yan etkiler;
  
  
  • İnjeksiyon alanında hafif batma, yanma ve ağrı
  • İnjeksiyon alanında ödem
  • İnjeksiyon alanında eritem
  • 3-10 Gün kadar sürebilen deri altı kanaması-ekimoz

• Uygulama tekniğine ve alanına bağlı olarak gelişen yan etkiler
  
  
  • Lokalize hafif geçici baş ağrısı
  • Ağız çevresinde asimetri ve asimetrik gülme
  • Boyun kaslarında zayıflık
  • İstenen kozmetik etkinliğin yokluğu

• Nadir ve idiyosenkronize yan etkile
  
  
  • Lokalize ve geçici paresthesias
  • Fokal istenmeyen kas hareketleri
  • hafif bulantı ve kusma
  • uyku hali ve bayılma
  • Hafif, lokal yada genel kas ağrıları ve üşümeler
  • Ağız kuruluğu
  • Periorbital ödem

Uygulama tekniğine bağlı olarak gelişen uzun sürebilen daha ciddi yan etkiler

• Göz kapağı düşmesi- eyedrops
• Kaş düşmesi- Brow ptosis
• Çift görme
• Bulanık görme
• Göz yaşı azalması
• Alt göz kapağının düşmesi
• Göz kapağının kapanmaması
• Yutma güçlüğü
• Konuşma güçlüğü
• Bazı seslerin çıkarılmasının zorluğu

Uygulama tekniğine bağlı olmadan gelişen uzun sürebilen daha ciddi yan etkiler

• Ürtiker, kaşıntı, döküntü yada generalized eritem
• Dispne, asthmanın artması
• Yumuşak dokuda ödem
• Anaflaksi

Uygulama alanında toksinin çevreye dağılması ile yutma güçlüğü, nefes alama güçlüğü hırıltılı solunum olabilir bu daha çok boyun uygulamalarında ortaya çıkmaktadır.

Alerji çok çok nadir olmakla birlikte tüm ilaçlarda olduğu gibi duyarlı olan kişilerde kaşıntı, vücutta kabarmalar gelişebilmektedir.

Göz çevresi yanlış kullanımlarda; göz kapağında geçici düşme, çift görme ve geçici şaşılık oluşabilmektedir.

Yüz üst anatomik alanında botulinum toksin uyguamalarında üst göz kapağı düşebilmektedir. Sıklığı % 5 oranlarında bildirilmektedir. Uygulamadan hemen sonra 2 hafta sonrada gelişebilmektedir.Bu yan tekinin gelişmesi üst göz kapağını açan “levator palpebrae superioris kasına” toksinin etki göstermesidir. Bu yan etkinin gelişmemesi için için kaşın 1 cm altına ve midpupillar hattın dışına toksin uygulanmamalıdır.

Bu yan etki gelişimde Brimonidine（0.1 % yada 0.2 %）,  Neosynephrine hydrochloride（2.5%）ve Apraclonidine 0.5% içeren göz damlası kullanılmaktadır. Bu ilaç α2-adrenerjik aganostidir ve Müller kasının kasılmasını sağlayarak göz kapağının 1-3 mm yukarı kalmasını sağlamaktadır. Botulinum toksin etkisi kaybolana kadar günde 3 kez 1-2 damla kullanılmaktadır.