Tekrarlayan aftlı bir hasta değerlendirileceği zaman pek çok durumun aftlarla eşlik edebileceği gözönünde bulundurulmalıdır.

Enfeksiyon; Herpes Virüs, Sitomegalovirüs, Varisella zoster virus, Koksaki virus, Treponemal Frengi-Sifiliz, Mantar; Cryptosporidium, Mucormycosis, Histoplasma Otoimmün; Behçet Sendromu,Reiter Sendromu, İnflamatuar Tekrarlayan kanamalı veya müköz diyare, Lupus Eritematozus,Büllöz Pemfigoid, Pemfigus Vulgaris Diffüz deri tutulumu.

Hematolojik; Siklik Nötropeni

Kanserler; Yassı epitel hücreli kanser-SCC

PFAPA (periyodik ateş, aft, faranjitis, adenitis) Çocuklarada gözlenmekte. Bu hastalarda tonsillektomi-bademciklerin alınması tam bir cevap sağlayabilmektedir.