Hafif seyrettiği birçok hastada herhangi bir tedaviye gereksinim olmaz. Bazı hastalar iyi bir oral hijyen sağlanarak, Sodyum Lauryl Sülfat (SLS) içermeyen ve irritan olmayan doğru diş macunu seçimi ile atravmatik doğru fırçalama tekniği ve ağrıya yönelik yapılan palyatif tedavilerle tedavi edilir.Ağrıyı gidermek için ağrı kesici spreyler veya gargaralar kullanılabilir.

Her ay çok sayıda aft atakları ciddi ağrıları ve beslenme problemi olan hastalar ilaç tedavisine ihtiyaç duyarlar.

Aftların kesin sebebi bilinmediği için günümüzde RAS için uygulanan herhangi bir küratif tedavi yoktur. Tedavinin ana amaçları; ağrı semptomlarının giderilerek hastanın düzgün beslenmesine yardımcı olmak, lezyon süresini kısaltmak ve tekrar sıklığını azaltmaktır. Tedavi yaklaşımı; Hastalık öyküsüne, hazırlayıcı faktörlere, ağrının şiddetine, atakların sıklığına ve hastanın ilaç toleransına göre değişir.

Tedaviye başlanmadan önce hastalığın başlamasına sebep olabilecek muhtemel arttırıcı faktörler dikkate alınmalıdır. Tam kan sayımı, serum folik asit, ferritin, B-vitamin seviyeleri gibi tetkikler yapılabilir. Yetmezlik durumlarında uygun tedavileri yapılmalıdır.

Kortizonlar ve antimikrobiyal ajanlar aft tedavisinde en sık kullanılan ilaçlardır. Bu ilaçlar topikal kremler, ağız gargaraları, intralezyonel enjeksiyonlar şeklinde veya sistemik olarak kullanılabilirler. Topikal kortikosteroitler aftların oluşumuyla ilişkili olan enflamatuar süreci sınırlandırmak için kullanılır. Topikal kortikosteroit kullanımında süper enfeksiyonlara dikkat edilmelidir. Çünkü topikal kortikosteroit kullanımı mantara – kandidaya sebep olabilir. Ağız hijyeni üst düzeyde tutulmalıdır. Eğer hasta topikal steroit kullanamıyorsa veya ülser çok büyükse steroitler gargara olarak da kullanılabilir.

RAS tedavisinde antimikrobiyal ajanlar, mikrobiyal bulaşmaya ve sekonder enfeksiyonları kontrol etmek için kullanılır. Antibiyotikli ağız gargaraları ülser süresini, büyüklüğünü ve ağrıyı azaltır.

Aftların ciddi seyrettiği, ülserlerin biri iyileşirken yenilerinin oluştuğu hastalarda topikal tedaviler yeterli olmayabilir. Bu durumda sistemik tedaviler uygulanır. Bunun için kortizon en sık kullanılan ilaçtır. Bununla kombine olarak topikal uygulamalar da yapılabilir. Yine hastanın oral hijyeni üst düzeyde olmalıdır.

Ayrıca azathiopirin, kolşisin, siklosporin, pentoksifilin, azelastin, dapson, levamisol ve thalidomit kullanılabilir.