Keratoakantornaların, spontan iyileşme gösterebilmelerine karşın, erken dönemde tedavi edilmelerini gerektiren önemli nedenler vardır. Keratoakantomanın klinik olarak epidermoid karsinomadan ayrılması son derece zordur. Bunun yanısıra keratoakantomanın ulaşacağı büyüklüğü ve buna bağlı olarak alttaki dokularda yapacağı harabiyeti önceden tahmin etmek de olanaksızdır. Ayrıca cerrahş olarak alındıktan sonra oluşan çizgisel iz kendiliğinden iyileşme sonucu oluşan ize oranla daha estetiktir.

1.5 cm den küçük olanlar için küretaj ve elektrokoter , büyük lezyonlar için ionize radyasyon, intralezyoner triamcinolone acetonide ve 5-FU enjeksiyonları ve etretinate tedavisi vardır.

Multipl keratoakantomaların tedavisinde metotreksat ve bleomisin gibi ilaçlar kullanılır.

Imiqıimod ve pedofilin kullanılmaktadır.