Hastalığın uzun süreli ve düzenli bir şekilde takip edilmesi gerekmektedir. Behçet hastalığının sistemik bir hastalık olduğu ve çok sayıda organı etkileyebileceği unutulmamalıdır. Bu nedenle, hastalığa yaklaşımda birçok bilim dalının (farklı uzmanlık alanlarından doktorların) işbirliği içinde çalışması gerekmektedir. Hastaların tedavi ve takibinde deri ve zührevi hastalıkları, romatoloji ve göz hastalıkları uzmanları başta olmak üzere çok sayıda doktorun uyum içinde çalışması büyük önem taşımaktadır.

Genel anlamda Behçet hastalığına ait tüm belirtileri tamamen ortadan kaldıran tek bir ilaç veya tedavi bulunmamaktadır. Bu nedenle tedavi var olan belirtilerin özelliğine göre belirlenmektedir. Tedavide temel amaç hastalığın özellikle erken ve aktif dönemindeki şiddetli olabilecek organ veya organların hasarını engellemek ve belirtilerin verdiği rahatsızlığı gidermektir. Hastalığın tedavisinde çok sayıda ilaç kullanılmaktadır. Bunların bir bölümü yerel bir bölümü ise sistemik olarak uygulanmaktadır. Ayrıca gerekli durumlarda fizik tedavi ve cerrahi tedavilerde yapılabilmektedir.

Yerel ilaçlar (gargara, krem vb.) deri ve mukoza belirtilerinin hafifletilmesi, daha çabuk iyileşmesi ve verdiği rahatsızlığın giderilmesi anlamında önemli ilaçlardır. Kolşisin deri, mukoza ve eklem tutulumlarında yararlı olabilen bir ilaçtır. Bunun dışında gerekli olduğunda kortizonlu ilaçlar, bağışıklık sistemini baskılayan ilaçlar kontrollü biçimde kullanılabilmektedir.

Ağız sağlığı aftların ve hastalığın yeni ataklarını engellemede önemli olabilir. Bu nedenle hastaların ağız hijyenine büyük önem vermeleri ve düzenli olarak diş muayenelerini yaptırmaları gereklidir. Diş çürüğü, diş eti iltihabı, vb. ağız hijyen bozukluğuna neden olabilecek tüm olumsuzluklar mutlaka tedavi ettirilmelidir.

Ayrıca ağızda aftı olan hastaların asitli, kabuklu, sert, acılı ya da tuzlu yiyecekler gibi irrite edici ajanlar ve alkolik içeceklerden sakınması gerekir. Özellikle kabuklu gıdaların yenmesi (çerez, fındık, fıstık, ayçiçeği, vb.) ağız içinde tahriş ve hafif de olsa yaralanmalara neden olabileceğinden aftların oluşumunu başlatabilir, iyileşme sürelerini uzatabilir.

Yukarda sayılan ve dikkat edilmesi gereken birçok konunun dışında aşırı yorgunluk, stres, ateşli hastalık gibi durumlar hastalığa neden olmamakla birlikte bazı kişilerde hastalığı arttırıcı rol oynayabilirler. Mümkün olduğunca Behçet hastaları yorgunluk ve stresten kaçınmalı, enfeksiyonlardan kendilerini korumalıdırlar.

İlaç seçiminde ve tedavinin süresinde belirleyici olan tutulan organ veya organlar ve tutulumun şiddetidir. Bazen şikayetlerin giderilebilmesi için çok sayıda ilacın birlikte kullanılması gerekebilir. Seçilecek tedavi şekli ve uygulama yolu, tedavinin süresi, ilaçların dozu hekim tarafından düzenlenir. Hastalığın tedavi ve takibinde hekimlerin bilgi, tecrübe ve işbirliği içinde çalışmaları ne kadar gerekliyse hastanın önerilen tedaviye uyumu da o denli önemlidir.