Hastalığın nedeni tam olarak bilinmemektedir. Gelişiminde bağışıklık sistemi değişikliklerinin yanı sıra genetik ve bazı çevresel faktörlerin (bakteri ve virüs gibi) etkili olabileceği düşünülmektedir.

Behçet hastalığı kalıtsal bir hastalık değildir. Ancak, hastalık için genetik bir yatkınlık söz konusudur. Bunun anlamı, yakın kan bağı olan bireylerde Behçet hastalığının görülme sıklığının toplumdaki diğer bireylere oranla bir miktar daha fazla olmasıdır. Hastaların önemli bir bölümünde HLA-B51 adlı doku antijeni saptanabilmektedir. Ancak, HLA B51 toplumumuzda sık rastlanan bir doku antijenidir ve diğer yönlerden sağlıklı bireylerde de görülebileceği unutulmamalıdır. Bu nedenle tek başına Behçet hastalığının tanısında kullanılması uygun değildir.