BHK’de kesin tanı histopatolojik inceleme ile konur. Yani bir kenarından küçük bir parça alınarak patolojik değerlendirme için tahlile gönderilir. Eğer şüpheli yaranın tamamı 1 cm den küçükse genellikle parça almak yerine tüm lezyon çıkarılarak incelemeye gönderilir.

BHK’in pigmentli nevüsler, epidermoid karsinom, malign melanom, deriye metastaz yapmış diğer ik karsinomalar, verrüler ve lupus vulgarisden ayırımı yapılmalıdır.