SLE ve diğer güneşle alevlenen cilt hastalıkları, deri kanserleri, aktif deri enfeksiyonları ve immün yetmezlik durumlarında klimatoterapi uygulanmaz. Ciddi psikiatrik bozukluklar, akut alkolizm, epilepsi ve kardiyak bozukluklar genel kontrendikasyonlardır. Ciddi variköz venler, iyileşmeyen yaralar ve mineral banyo hipersensitivitesi balneoterapinin kontrendikasyonlarıdır.

Klimatoterapinin yan etkileri temel olarak güneş yanığı ve diğer fotosensitif reaksiyonlardır (%5-8.2).

Balneoterapi eklem ağrısı ve yorgunluk şeklinde ortaya çıkan termal reaksiyona neden olabilir.

Mineral su reaksiyonu özellikle 5-8 banyo sonrasında lökosit sayısı ve eritrosit sedimentasyon hızında yükselmeyle birlikte ortaya çıkan yorgunluk ve halsizlikten oluşur. Bu reaksiyon 5-10 banyo sonrasında geçer.

Klimatoterapi ile görülen yan etkiler genellikle küçük ve kolay düzelir. Hafif güneş yanığı, fotosensivite, herpes simpleks ve follikülit gibi enfeksiyonlar rapor edilmiştir. Bununla birlikte deri yaşlanması ve deri kanseri riskinde artış gibi uzun dönem potansiyel yan etkiler gözardı edilmemelidir.

Uzun dönem yan etki riski Ölüdeniz’de özellikle UVB ışınlarının zayıflamış olması nedeniyle daha düşük olabilir.

Tedavi edici etkileri sınırlı olsa bile balneoterapi alternatif terapi olarak görülebilir ve fototerapi ya da sistemik terapinin kontrendike olduğu vakalarda kullanılabilir. Her bir hastalık için ideal tedavi seçeneği, ideal tedavi protokolü (doz, frekans, süre, yardımcı tedavi), bireysel kabul edilebilirlik ve uzun dönem yan etkilerin belirlenmesi gerekmektedir.

Spa terapisinde tedavi prensipleri için gereken değişkenler deri tipi, hastalık tipi, ciddiyeti, süresi, deri kanseri hikayesi, kimyasal fotosensivite, birlikte bulunan hastalıklar, ilaç veya alkol alımı, emosyonel durum, çeşitli tedavilere cevaplar ve güneş UV ışınlarının ölçülmesini içerir.