Diğer tedavi stratejilerinin başarısız olduğu primer hiperhidrozlarda ikinci basamak tedavisi olarak botoks uygulamları yaygın bir şekilde kullanılmaktadır. Klinik çalışmalar botoks enjeksiyonlarının bölgesel aşırı terlemede güvenli ve sürdürülebilir olarak daha yüksek memnuniyet oranları gösterdiğini ortaya koymuştur. Cerrahi olmayan hiperhidroz edavi yöntemlerine göre botoks tedavisi ile memnuniyet önemli ölçüde daha yüksektir. 

Botulinum toksini, "Clostridium Botulinum" adlı bir bakteri tarafından üretilen bir toksindir. Bu bakteri, gıdalarda çoğalarak "botulizm" adı verilen bir besin zehirlenmesine neden olmaktadır. "Botulinum" terimi, Latincede "sosis" anlamına gelen "botulus" kelimesinden türetilmiştir ve bakterinin şeklini tanımlar. Clostridium Botulinum bakterisi, laboratuvar ortamında özel işlemlerle zayıflatılarak elde edilen toksini, nörotoksik etkisi sayesinde dünya genelinde tıbbi amaçlarla kullanılmaktadır. Toksinin yedi farklı tipi bulunmaktadır: A, B, C1, C2, D, E ve G; ancak bunlardan yalnızca A ve B tipleri klinik uygulamalarda yer almaktadır.

Ter bezlerinin işlevleri, sinir sistemi tarafından asetilkolin ve benzeri mediyatörler aracılığıyla kontrol edilir. Botulinum toksininin etki mekanizması, asetilkolin salınımını engelleyerek gerçekleşir ve bu süreç oldukça iyi bilinmektedir. Toksin, ağır ve hafif molekül zincirlerinden oluşan bir yapıya sahiptir. Toksin dokuya uygulandığında, ağır zincir kısmı sinir - ekrin ter bezi kavşağın presinaptik ucuna seçici ve geri dönüşümlü bir şekilde bağlanır ve sinir hücresine endositoz yoluyla girer. Bu aşamada hafif zincir, ağır zincirden ayrılır. Ardından, asetilkolin salgılanmasında rol oynayan spesifik protein zarlarına tutunarak dokular arasında yayılır. Bu süreç, sinir - ekrin ter bezi kavşakta asetilkolinin salınımını hemen inhibe eder ve böylece ekrin ter ter bezlerinin geçici olarak çalışmasını engeller.

Bu etkiler genellikle toksin enjeksiyonundan 24 saat sonra başlar ve yaklaşık iki hafta içinde belirginleşir. Toksinin etkisi geçicidir ve yaklaşık 3-6 ay boyunca devam eder; ancak bu süre, kişiye ve uygulanan kas grubuna göre değişiklik gösterebilir.

Toksinin dokuda etki mekanizması dört ana adımda gerçekleşir:

1. İlk adım, toksinin ağır zincirinin presinaptik sinir hücrelerinin yüzeyindeki spesifik reseptörlere bağlanmasıdır. Bu süreç yaklaşık 30 dakika sürer.

2. İkinci adım, reseptör aracılı toksinin sinir hücresine girişi olan endositoz sürecidir. Bu aşamada, sinir hücresi plazma zarı, toksin-reseptör kompleksinin etrafında kıvrılarak sinir terminalinde toksin yüklü veziküller oluşturur.

3. Üçüncü adım, translokasyondur. Veziküller içerisindeki toksinin hafif ve ağır zincirleri arasındaki disülfür bağı kopar ve hafif zincir, veziküllerin endosomal membranına geçerek sinir terminalinin sitoplazmasına salınır.

4. Son adım ise blokajdır. Botulinum toksinin serotip A ve E hafif zincirleri, sinir terminallerindeki asetilkolin veziküllerinin sitoplazmik bir proteini (SNAP-25) keserek asetilkolinin presinaptik boşluğa salınımını engeller. Sinir sonlanmasında, hücre içinde veziküllerde SNARE (snaptobrevin olarak da bilinir) proteini ve hücre membranında iki hedef protein (SNAP-25 ve syntaxin) bulunur. Son araştırmalar, hafif zincirin bu kompleks yapıyla etkileşime girdiğini göstermektedir. Örneğin, botulinum toksin A ve B, SNAP-25 ile; botulinum toksin B, D ve F ise SNARE ile; botulinum toksin C ise SNAP-25 ve syntaxin ile etkileşimde bulunur.

Toksinin dozu, etki süresiyle doğrudan ilişkilidir. Örneğin, koltuk altı aşırı terleme tedavisinde 10 ünite altında yapılan uygulamalar, etki süresinin 3 aydan kısa olmasına neden olurken; 50-100 ünite uygulandığında bu süre 9-12 aya, 200 ünite uygulandığında ise 15 aydan uzun sürmektedir. Frey sendromunda daha düşük dozlar, uzun etki süresi sağlamak için yeterli olmaktadır.

Botoksun sinir-ekrin ter bezi kavşağında neden olduğu hasar geri dönüşümlüdür. Hiperhidrozis kliniği üzerindeki etkinliği belirli bir süreye bağlıdır ve terleme fonksiyonu zamanla geri dönmektedir. Bu durum, sinir filizlenmesi ve sinaptik kavşakların yenilenmesi ile sağlanmaktadır. Botoks uygulamasının ardından üç gün boyunca veziküler asetilkolin salınımı tamamen engellenmekte, sonrasında ise sinir uçlarından geçici filizlenme sinirleri ortaya çıkmaya başlamaktadır. Bu süreçte asetilkolin reseptörlerinin sayısı artmakta ve yeni sinaptik kavşaklar oluşmaktadır. Yedi gün sonra, önceki sinir aktivitesinin %20'si geri kazandırılmaktadır. Nihayetinde, tamamen işlevsel sinir uyarımı üç ila altı ay içerisinde geri kazandırılmakta ve geçici nöronal filizler gerileyip kaybolmaktadır. Botoks, çizgili kasları yaklaşık üç ila dört ay boyunca etkili bir şekilde engelleyebilmekte, terlemeyi (otonom koliner sinir uçları) engelleme süresi ise altı ila sekiz ayı bulabilmektedir. BTX'in, koliner sinirlerden nörotransmitter salınımını engellemenin yanı sıra, ter bezlerinin asetilkoline yanıtını azalttığı öne sürülmüştür. Ayrıca, tekrar eden botoks enjeksiyonları toksinin etki süresini uzatmaktadır. Bu nedenle, hiperhidroziste botoks enjeksiyonlarının sürekli etkinliği için yılda iki ila üç kez tekrarlanması gerekmektedir.

Botoksun günümüzde klinik ve esteteik amaçla kulanımı sağlık kurumları tarafından onamlı 4 botulinum toksin serotip A; onabotulinumtoxinA (Botox; Allergan, Irvine, CA), abobotulinumtoxinA (Dysport; Galderma Laboratories, Fort Worth, TX), incobotulinumtoxinA (Xeomin; Merz Pharmaceuticals, Greensboro, NC) ve  prabotulinumtoxinA (Jeuveau; Evolus, Inc., Santa Barbara, CA) ile 1 otulinum toksin serotip B; rimabotulinumtoxinB (Myobloc; Solstice Neurosciences, Louisville, KY) bulunmaktadır. Farklı botoks serotipleri belirli bakteriyel suşlardan elde edilmektedir: Botoks A için Hall suşu ve Botoks B için Bean suşu kullanılmaktadır.  Beş BTX preparatının, ilaç üretiminde kullanılan farklı nörotoksinle ilişkili proteinler kullaanıldığı için farklı moleküler ağırlıkları vardır ve ek bileşenler içerir. Protein konformasyonunu korumak için sukroz, sodyum klorür veya laktoz gibi eksipiyanlar eklenirken, insan serum albümini (HSA) nörotoksin atığını minimize etmek ve vial duvarlarında protein agregasyonunu önlemek için eklenir. Biyosentezden sonra, nörotoksinler çökeltilir ve saflaştırılır. Daha sonra, toz haline getirilmiş bir Botoks ürünü üretmek için ya dondurarak kurutma (abobotulinumtoxinA ve incobotulinumtoxinA için) ya da vakumla kurutma (onabotulinumtoxinA ve prabotulinumtoxinA için) işlemi gerçekleştirilerek ticari sunumu yapılır. Botoks B ise pH'ı 5.6 olan bir sıvı olarak temin edilir ve ticari sunumu yapılır. Abobotulinumtoxin A'nın raf ömrü 24 aydır, onabotulinumtoxinA ve rimabotulinumtoxinB'nin raf ömrü ise 4-8°C'de saklandığında 36 aydır. IncobotulinumtoxinA, oda sıcaklığında en az 48 ay stabil kalır. Sulandırılarak hazırlanan hafif asitik olan botulinum tokisn serotip A fromları 20°C or 4°C de 4 hafta etkinliklerin kaybetmeden saklanabilmektedir. Enjeksiyon sonrası rimabotulinumtoxin B serotipin etki başlangıç süresi 3-5 gün ile botulinum tokisn serotip A ların 9-16 haftalık sürelerine göre oldukça kısadır. Buna karşın rimabotulinumtoxin B uygulamalarında ağızda kuruluk, baş ağrısı, gözde korneal iritasyon gibi olumsuz yan etkiler onabotulinumtoxin A uygulamlarından daha fazla görülmektedir. Sıklıkla rimabotulinumtoxin B diğer botulinum tokisn serotip A larar karşı direnö geliştiği durumlarda tercşh edilmektedir. Tüm botulinum toksinler enjekte edilrken düşük 5.6 lık pH'ları ile ağrıldır. 

Botulinum toksin enjeksiyoları ekrin ter bezlerini hedefleyecek şekilde intradermal enjeksiyonlar şeklinde dermis-yağ dokusu birleşkesine yapılmaktadır. Enjeksyon derinliği uygulama alanına göre değişmektedir. Örneğin koltuk altında 2 mm ve ayak tabanında 4.5 mm gibi. Bu derinliklerde botulinum toksin uygulaması istenmeyen yan etkiler yönünde riskler taşımaktadır. Bu nedenle iğne cilt yüzeyi ile 30-45° açılar oluşturacak ve iğne ucunda açılı açıklık yukarı bakacak şekilde yerleştirilmektedir. Daha önce 1-2 cm aralıklar ile işrateli alanlara 0.1-0.2 mL tokisn enjekte edilmekte. 

Koltuk altı onabotulinumtoxin A her bir koltuk altı için 50 U olarak planlanır, 1-2 cm aralıklar ile 10-15 noktaya 0.1-0.2 mL tokisn intradermal olarak enjekte edilmekte. Koltuk altı tüyleri 3 gün öncesinde traşlanır. Uygulamadan 24 saat öncesinde deodorant ve antiperspirant kullanımı yasaklanır. Uygulamadan 30 dakika önce egzersiz, sıcak içecek kullanımı engellenmektedir. Uygulamanın hafif ağrılı olması nedeni ile soğuk kompresler ve soğuk hava destekleri kullanılabilmektedir. Uygulama sonrası 7-10 günde etkinliği başlamaktadır. Uygulama sonrası %90 üzerinde etkinliğe sahiptir. Uygulama alanı olan koltuk altında kokuyuda azalttığı gösterilmiştir. Etkinliği 3-17 ay arasında değem etmekte ortalama 7 aydır. Tekrarlanan seanslarda bu süreler daha uzatmaktadır.Uygulam enjeksiyon noktalarında ağrı, ekimoz gelişimi lokal yan etkiler olarak sık görülürken baş ağrısı, kaslarda zayıflık hissi, haifif kaşıntı ve ürtüker atakları sıklıkla görülebilmektedir. 

El içi ve ayak tabanı hiperhidrozlarında koltuk latına göre daha yüksek dozlarda botulinum toksinleri tercih edilmektedir. Her bir el ve yaka için onabotulinumtoxin A kullanılacak ise 75-100 U olacak şekilde. 1-1.5 cm aralıklar ile 5-50 işaretli alanda ve her bir alana 0.05-0.1 mL volümlerde enjeksiyonlar yapılmaktadır. El ve ayak parmaklarının herbirinde 2-3 enjeksiyon tercih edilmektedir. El ve ayak uygulamları oldukça ağrıldır. Ağrının kontrol edilebilmesi için soğuk kompres, soğuk hava, pnömatik tabanca ile lidokain enjeksiyonu, vibrasyon, topikal anestezik kullanımı, bölgesel lokal anestezi yada sinir bloklajları yapılmaktadır. Elde hiperhidroz için botoks uygulamları kaslarda 24-72 saat kadar süren güçsüzlüklere neden olmakta bazen bu 2 haftaya kadar uzayabilmektedir. Sıklıkla nejkesiyon noktalarında duyu azalması, ekimoz gibi yan etkiler görülmektedir. Ancaj el terlemelerinde botoks uygulaması % 80-90 oranaında bir hasta konfrou sağlamakta ve terleme azalması 3-12 ay sürmektedir. 

Yüz ve baş yerleşimli hiperhidrozlarda terleem alanına onabotulinumtoxin A  enjekte edilmektedir. Terleme alanına göre 50-100 U sadece alın ve ön saç sınırı hiperhidrozlarında, 200 U alın ve saç sınırlarında hiperhidrozlarında ve 300 U alın ve tüm saçlı deri hiperhidrozlarında tercşh edilmektedir. Uygulama 1-2 cm aralıklar ile 5-30 uygulama alanına intradermal olarak enjeksiyon yapılmakta. Alın, frontal uygulamlar nedeni ile kaş asimetrileri gibi yan etkiler görülebilmektedir. Ancak bu uygulamlar ile hastaların büyük bir kısmında 4-6 ay hiperhidroz baskılanmış olmakta.